這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

前世的姻緣破滅，龍蝶說：“若有來世，不愿見君。”龍蝶轉世后墜入魔界，陰差陽錯的成了魔君的妃子，且毀去容顏，從此被打入冷宮遭受世人的嘲笑，姐姐也與她反目成仇。 童云澤因想要追回她，從仙界一路尋來，找到她的轉世。他在魔界眼睜睜的看著心愛的她錯愛上旁人，看著她在魔界里面飽受屈辱，前世因他，他們兩個一別兩寬，今生，他想用盡全力，守護在她的身旁，與她再續前緣。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。