一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

2333年，地球被寒，藻，葳，雛，炎，氣，六星攻占，長得好看的人成為寵物，長得丑的被丟到荒野沙漠自生自滅。六星人養膩了現代人想養古人，于是發明了名將機，啟動后能穿越時空抓古人。誰知，天真的葳星少女伊塔一發入魂，抓到了秦始皇嬴政，給六星帶來了毀滅性打擊。寄（外星）人籬下的秦始皇與同人文寫手徐君房和總想暗殺自己的張良以及其他被抓來的千古名將們放下前朝舊恨共同抵御天外之敵！

僅存的「神級」后代杉月，佩戴黑環以劣等身份生活在骯臟的流放地，但平靜的生活隨著身份曝光被打破，特級勢力視他為威脅派出暗殺隊追殺杉月。五個從小為了守護杉月而存在的異能者也在同一時間被召集，他們紛紛趕往流放之地保護「神級」最后的后代，一場“環”之間的戰斗即將打響！