原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

不婚主義者一旦懷孕，那該怎么辦？閔恩樹是一個(gè)不婚主義者，她是最年輕的團(tuán)隊(duì)主管，現(xiàn)在秘密戀愛已經(jīng)三年，男朋友是另一部門負(fù)責(zé)人徐之訓(xùn)。徐之訓(xùn)自認(rèn)為二人已到談婚論嫁的程度，因此向恩樹求了婚。意料之外，求婚被恩樹拒絕。沉浸在痛苦中的閔恩樹在歡迎會(huì)上醉得一塌糊涂，借著酒勁，沖動(dòng)之下與送她回家的下屬職員在過了一晚。恩樹恢復(fù)清醒后，身體卻未如她所愿，產(chǎn)生了一些異常，本以為只是單純的胃腸不適，卻被醫(yī)生告知是懷孕。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。