一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

僅存的「神級(jí)」后代杉月，佩戴黑環(huán)以劣等身份生活在骯臟的流放地，但平靜的生活隨著身份曝光被打破，特級(jí)勢(shì)力視他為威脅派出暗殺隊(duì)追殺杉月。五個(gè)從小為了守護(hù)杉月而存在的異能者也在同一時(shí)間被召集，他們紛紛趕往流放之地保護(hù)「神級(jí)」最后的后代，一場(chǎng)“環(huán)”之間的戰(zhàn)斗即將打響！