為了省錢，白予寧搬進兇宅，從此鬼影、淤青、鬼壓床輪番上陣。更離譜的是，爬上她床的那只鬼，竟是她死去多年的竹馬玩伴何安。何安失憶后一直渾渾噩噩地跟著她，直到她喊出他的名字，塵封的記憶才裂開一道縫——童年里，她是唯一對他好的人。白予寧念及舊情，決定幫何安找回記憶、送他投胎。兇宅里最特別的“同居”開始了。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。