原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

何雨是一位普通的女生。在她居住的和善市，自古以來有著十二生肖的守護，他們擁有人類的外表和各自不同的特殊能力，每年會有一位生肖在城市中幫助并守護著人們，然而人們對此并無察覺。在何雨的本命年（猴年），她和十二生肖的猴子申君在一次偶遇中不小心將惡靈的封印解開。惡靈將其他沉睡的十二生肖一并帶走，控制了他們的心智，使他們與人類為敵。申君和何雨一起協力作戰，阻止十二生肖對城市的破壞……