燕赤霞在家門遭變之后，看透世人的貪嗔欲愛，決心潛心修道。他的師傅為了試煉他，讓他只身去黑山捉妖。在試煉的過程中，燕赤霞遇上了不顧他人勸阻夜宿鬼寺的落魄書生寧采臣，二人成為鄰居。寧采臣偶遇女鬼聶小倩，兩情相悅。但小倩是被樹妖姥姥控制的鬼魂，專門迷惑精壯男子代姥姥吸取陽氣。寧采臣欲救小倩脫離姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩無法脫離其魔掌。二人遂向燕赤霞求救，一場人鬼大戰就此展開……

“我要追究6年前,你竟敢把我都俊源吃干抹凈后跑路的責任。”在基層合同工的她面前以副社長身份出現的男人,執著地讓她想起了6年前那火熱的夜晚…….“這次換南允芝你幫我吧。”“您現在那話的意思是讓我再陪您嗎?”"這個嘛,我也不知道僅憑一晚是否可以。"事情漸漸朝著她意想不到的方向發展。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……