在未來科學家制造了“盤古”這臺毀壞力超強的戰爭機器。公元2139年世界大戰爆發，“盤古”被用于戰爭。 世界大戰結束后，盤古被銷毀。 然而戰爭結束16年后，盤古神秘復活，并有自己的思想，覺得自己當年被遺棄，懷恨在心，決定復仇人類，自己制造出具有行動能力的機器，并開始大量制造各種戰爭機器人，開始報復人類，大舉進攻人類。

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

悠悠宙宇，數十萬個輪回，天皇消失，大道已死，究竟是何人所為？這天地間隱藏了太多的秘密，詭異的生命禁地，神秘的九曲天書，它們為何存在這世上？少年葉生在亂世中出生，斬盡天下妖魔，只為尋求自己心中的大道，探索著天和地的隱秘。

故事講述了個性開朗喜歡搗亂的小學生布丁，和性格有點暴躁的黃連，倆人的日常校園生活故事。