原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

三萬年前，他被譽為星空下第一強者，卻在眾叛親離下含恨埋骨；一萬年前，他成為這片沃土上唯一一名帝君，卻在外族的侵略之下國破身亡；五千年前，他帶領人類重新成為這個世界的主宰，卻在破鏡之時走火入魔，身死道消。在經歷了八世重生之后，這位星空頂級強者，終于在這一世以一位普通少年——夏生的身份，睜開了他的雙眼。這一次，在他的靈魂深處，已經赫然多了八口無上靈泉。前幾世的含恨與不甘，如何在這一世得到宣泄？

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……