一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國一統(tǒng)十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國度的奇幻旅程（根據(jù)小說一克帝國異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂觀的就業(yè)情勢，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥靈親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

天真爛漫，不諳世事的千金大小姐許倩然，因?qū)πr(shí)候見過的一位流浪武人的向往，對江湖產(chǎn)生了莫大的興趣。她纏著家里的武生教授她武術(shù)，卻又受不了辛苦的訓(xùn)練，只學(xué)了點(diǎn)皮毛便以為自己很厲害。一日，她的娘親逼她與富商的兒子成親，然而許倩然不愿將余生交給她素未謀面的人，便帶上丫鬟綠撫女扮男裝，離家出走闖蕩江湖。為了追求所愛，歷經(jīng)千辛萬苦，終于尋得了自己理想中的愛人，并最后獲得了皇后的祝福，迎來了幸福美滿的結(jié)局。