明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫(yī)，中醫(yī)式微。少年醫(yī)者李子明機(jī)緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經(jīng)的李時(shí)珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時(shí)將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫(yī)發(fā)揚(yáng)光大。李子明醫(yī)者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時(shí)也與藥靈們結(jié)下深厚羈絆。

這家叫做“妙藥堂”的中醫(yī)診所，他的擁有者是家里世代行醫(yī)的唐本草。這個(gè)診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發(fā)生了各種各樣的故事……

故事講述了六扇門名捕葉菩提與同伴寒漠屢破驚險(xiǎn)奇案的推理冒險(xiǎn)故事和破獲匪夷所思的案件的驚險(xiǎn)歷程。離奇飛頭疑案環(huán)環(huán)相扣，帥哥美女偶像偵探掉入陰謀迷局。一個(gè)個(gè)匪夷所思的案件，看似毫無關(guān)系，實(shí)則環(huán)環(huán)相扣；十大迷局一場陰謀，迷局背后的大主角身份成迷，臥底陷阱錯(cuò)綜復(fù)雜、真假難辨的迷團(tuán)，看似毫無關(guān)系的案件背后實(shí)則環(huán)陷阱重重，不到最后誰都不知道陰謀的真相……