武道，決定命運，決定生死，弱者，受人欺凌，強者，俯瞰天下。這是一個恃強凌弱的世界，人們以武道修為來定等級論高低。各大門派為了爭奪最強之名，一直明爭暗斗。在這里，只有強者有權利生存下去，即使是同族同門之人，若是實力弱小，也只有被驅趕欺凌的下場。

一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

在人類快速的發展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉生活在人類城市。然而妖怪卻沒有屬于自己的法律保障和社會權力，這是一個人類為妖怪構建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運呢？

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

隨著21世紀末的鐘聲響起，宣告著核武的沒落。地球因核戰四分五裂。執念者們陰差陽錯獲得了異能，為了克制暴亂的異能者，城市的人們成立專門組織——異能回收小組。主要負責強行拘捕不愿被政府管轄的異能者。一場屬于異能者們的戰斗全面展開……