在孤兒院長大的痞子華一龍在一次斗毆中右眼重傷，接受了眼角膜移植手術后意外獲得了透視眼的特異功能，借此順利考入全國頂尖的北方醫科大學“臨床醫學特殊培訓班”（精英天才班），與宿舍四兄弟在醫學院一同成長的騷鬧熱血故事。在醫大生活中，各種重口味醫學課程、學霸與學渣互相比拼、魔鬼教授與調皮學生斗智斗勇，讓華一龍不斷的成長。

死后五百年，還被人們銘記的人，他們的靈魂便可以成為“靈體”。 根據現代人的印象，呈現出與生前的人形不同的形態。如今，不少歷史上的著名人物成為“靈體”，在新的時代，述寫新的傳奇。作品獨創性的提出“魂”與“靈體”之間關系的概念——一直被人們記住的歷史人物的“魂”最后幻化成了“靈體”寄宿在了后來的一代又一代的人身上，并永不停息的持續著“他們”之間的戰爭，此所謂“魂戰紀”。

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

主角駱島，一直以來滿足于像一個海洋中的孤島一樣生活。僅有的愛好是收集地圖和看地圖，人際交往減少到了最低限度。多年未聯系的好友丁亭的失蹤使他平靜的生活被打破了……