一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

為攀權貴拋棄窮男友顧寒的林淺淺，五年苦修終獲拜入玄門泰斗門下資格，卻在大典驚見昔日棄夫竟是連師尊都需仰望的神秘師祖，更得知自己早已被他逆天改命、永世無法愛人的殘酷真相。

被白眼狼坑得傾家蕩產，瀕臨死亡，即將成為宗門史上最短命的長老…… 幸好金手指覺醒，綁定授徒返利系統，送徒弟垃圾丹，返我極品丹！先報仇再致富，逆襲最強仙帝！ 溫柔藥師、性感帝女、劍道至尊……全是我徒弟！

明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。