一克帝國英雄傳2承接一克帝國英雄傳漫畫劇情，是第一部的正統續作，一克帝國一統十四州后，來自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開啟了十四州外異域地區的東伐西討、南征北戰，以及探秘發現未知區域及其他國度的奇幻旅程（根據小說一克帝國異域志內容改編而成）。

故事講述了個性開朗喜歡搗亂的小學生布丁，和性格有點暴躁的黃連，倆人的日常校園生活故事。

三千位面管理者女主神綾清玄意外死亡，為了尋回生命和記憶，必須不斷穿越位面，攻略位面中的反派男主，阻止其黑化。為了把小黑蓮男主染回小白蓮，女主神用她的實際行動告訴圍繞在男主身邊的妖艷賤貨們：無論哪個世界，你爸爸還是你爸爸！

十萬年前，忘仙宗老祖陳玄無敵于天下卻在巔峰時退隱，無人知曉，他是因系統金手指故障無法繼續突破，擔心晚節不保，才隱居世間的。某天，宗門后代女弟子前來求救，卻讓系統成功重啟……只要培養后代，他可以繼續變強，可以繼續獨斷萬古！躲了十萬年的玄天帝，帶著全新的金手指出山了……