明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

為了省錢，白予寧搬進兇宅，從此鬼影、淤青、鬼壓床輪番上陣。更離譜的是，爬上她床的那只鬼，竟是她死去多年的竹馬玩伴何安。何安失憶后一直渾渾噩噩地跟著她，直到她喊出他的名字，塵封的記憶才裂開一道縫——童年里，她是唯一對他好的人。白予寧念及舊情，決定幫何安找回記憶、送他投胎。兇宅里最特別的“同居”開始了。

在人類快速的發展下，人類和妖怪之間的平衡被打破。隨著環境的破壞，妖怪也不得不背井離鄉生活在人類城市。然而妖怪卻沒有屬于自己的法律保障和社會權力，這是一個人類為妖怪構建的反烏托邦！那么妖怪們究竟要如何擺脫這悲慘的命運呢？