明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

三萬年前，他被譽為星空下第一強者，卻在眾叛親離下含恨埋骨；一萬年前，他成為這片沃土上唯一一名帝君，卻在外族的侵略之下國破身亡；五千年前，他帶領人類重新成為這個世界的主宰，卻在破鏡之時走火入魔，身死道消。在經歷了八世重生之后，這位星空頂級強者，終于在這一世以一位普通少年——夏生的身份，睜開了他的雙眼。這一次，在他的靈魂深處，已經赫然多了八口無上靈泉。前幾世的含恨與不甘，如何在這一世得到宣泄？

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。