一克帝國(guó)英雄傳2承接一克帝國(guó)英雄傳漫畫(huà)劇情，是第一部的正統(tǒng)續(xù)作，一克帝國(guó)一統(tǒng)十四州后，來(lái)自四方的威脅仍未解除，大正皇王思北一聲令下開(kāi)啟了十四州外異域地區(qū)的東伐西討、南征北戰(zhàn)，以及探秘發(fā)現(xiàn)未知區(qū)域及其他國(guó)度的奇幻旅程（根據(jù)小說(shuō)一克帝國(guó)異域志內(nèi)容改編而成）。

原本中醫(yī)系畢業(yè)的張機(jī)，因?yàn)橹嗅t(yī)不容樂(lè)觀的就業(yè)情勢(shì)，于是打算轉(zhuǎn)行“更有前途”的西醫(yī)。然而某天他回家后，發(fā)現(xiàn)家中多了位不速之客——醫(yī)仙【岐伯】。岐伯以“因?yàn)槟闶菑垯C(jī)（張仲景）”為理由，將“重振中醫(yī)”交給了張機(jī)。 為了讓張機(jī)可以勝任“重振中醫(yī)”的重任，岐伯遣藥?kù)`親自教導(dǎo)張機(jī)中藥的配伍使用，并將一本可以與藥?kù)`訂立契約的《玉函本草集》交由張機(jī)，同時(shí)讓人參【任弦】作為張機(jī)的幫助與監(jiān)督者。

在未來(lái)科學(xué)家制造了“盤(pán)古”這臺(tái)毀壞力超強(qiáng)的戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器。公元2139年世界大戰(zhàn)爆發(fā)，“盤(pán)古”被用于戰(zhàn)爭(zhēng)。 世界大戰(zhàn)結(jié)束后，盤(pán)古被銷毀。 然而戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束16年后，盤(pán)古神秘復(fù)活，并有自己的思想，覺(jué)得自己當(dāng)年被遺棄，懷恨在心，決定復(fù)仇人類，自己制造出具有行動(dòng)能力的機(jī)器，并開(kāi)始大量制造各種戰(zhàn)爭(zhēng)機(jī)器人，開(kāi)始報(bào)復(fù)人類，大舉進(jìn)攻人類。