原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

混混少年秦明，文弱書生白齊，一個是設局人，一個是解局人；一個是陰差陽錯，一個是蓄謀已久。二人通過選拔，攜手進入金吾衛，雖屢遭到權貴刁難，二人憑借膽識及能力硬是殺出了一條血路。

葉小天世襲罔替，卻非王侯；他出身世家，卻非高門。作為六扇門中的一個牢頭兒，他本想老老實實把祖上傳下來的這只鐵飯碗一代代傳承下去，卻不想被一個神棍忽悠出了那一方小天地，這一去，便是一個太歲橫空出世。