這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……

原本中醫系畢業的張機，因為中醫不容樂觀的就業情勢，于是打算轉行“更有前途”的西醫。然而某天他回家后，發現家中多了位不速之客——醫仙【岐伯】。岐伯以“因為你是張機（張仲景）”為理由，將“重振中醫”交給了張機。 為了讓張機可以勝任“重振中醫”的重任，岐伯遣藥靈親自教導張機中藥的配伍使用，并將一本可以與藥靈訂立契約的《玉函本草集》交由張機，同時讓人參【任弦】作為張機的幫助與監督者。

佛族的三藏法師因為與女兒國國王約會而受到佛族與神族的誅殺，他的弟子齊天、天蓬、悟凈為了保護師父，不惜與諸神開戰！在混戰中因齊天與二郎神斗法發生大爆炸打碎了太虛幻境的中樞“通靈寶玉”引發太虛幻境的崩塌。唐僧的三名徒弟醒來后發現自己居然被炸到了21世紀的現代社會，三人失去神力。為了生存他們只好一邊打工賺錢一邊尋找回去的方法……

唐小諾為了籌集給奶奶治病的錢，答應與男主角龍景琛結為合同夫妻，兩人從最開始的摩擦不斷，漸漸心意相通，最后攜手面對一切陰謀困阻……

由于人族的貪婪，其他種族逐漸在一次次的混戰中隱匿了痕跡——混戰中水中界被納入地上界版圖，除了精靈族，現在地上界的情況是這樣的：異族在人族中只剩下了傳說和教會的宣傳口號，但是除了精靈族外的其他種族其實在地上界還各有活動，只是隱藏了真實身份。拉法爾，來自天上界的精靈，由于不可告人的秘密來到人間界，遇見各色各樣的人類，并與其中三個伙伴組成團隊一起粉碎邪惡的陰謀。