明末，人們迷信修仙煉丹拒絕求醫，中醫式微。少年醫者李子明機緣巧合之下從一本破舊的《本草綱目》中召喚出藥靈——冬葵仙子。她懇請世間唯一能和曾經的李時珍一樣與藥靈對話的李子明幫助藥靈們收集因事故四散的《本草綱目》殘頁，拯救草藥精靈們的世界，同時將《本草綱目》中記載的資料流傳下來，將中醫發揚光大。李子明醫者仁心，不忍拒絕，從此踏上旅程。在一系列遭遇和邂逅中不斷成長，收集殘頁的同時也與藥靈們結下深厚羈絆。

阿玖前世受鳳羽陷害而亡，轉世成為小狐貍再次與孟瑄相遇，再世修煉成小狐仙后，面對鳳羽的虎視眈眈、楚坤對孟瑄阿玖感情的介入、自己身為狐仙對外的魅惑力，都影響著阿玖與孟瑄的感情，而阿玖發現自己再得仙身后，竟有墮仙的體質，并會逐漸感染周遭仙人也成為墮仙，阿玖成為仙界罪人，將面臨著整個仙界的圍剿……

這家叫做“妙藥堂”的中醫診所，他的擁有者是家里世代行醫的唐本草。這個診所不光給人看病，還接待一些神秘奇異的妖怪……在大夫與病人之間，在人類與妖怪之間，發生了各種各樣的故事……